En esta investigación, se estudió el modo en que diferentes características personales, familiares y contextuales contribuyeron a explicar las desigualdades educativas y emocionales en niñas, niños y adolescentes chilenos (NNAC) durante el confinamiento causado por la COVID-19. Se analizó una encuesta de alcance nacional respondida por padres o cuidadores de NNAC durante septiembre-octubre de 2020. Mediante regresiones lineales, se exploraron los factores que influyeron sobre las oportunidades de aprendizaje formales, no formales y el bienestar socioemocional de los NNAC durante la pandemia. Los resultados permiten afirmar que las desigualdades sociales reforzaron las desigualdades educativas y socioemocionales durante el periodo más crítico de la pandemia. Sin embargo, los hallazgos apuntan a relaciones asincrónicas entre las variables estudiadas, producidas por la intersección dinámica de características asociadas a situaciones de desigualdad. Estas encontraron expresiones novedosas en las condiciones producidas por la pandemia, indicativo de un grado de agencia de los actores (estudiantes, familias y escuelas).